Կրթական ու մշակութային, սոցիալական ու տնտեսական, իրավական ու քաղաքական արմատական վերաձևումները, որոնք իրականացվեցին 20-րդ դարի 90-ականների սկզբին նորանկախ ՀՀ-ում պայմանավորեցին հասարակության գործունեության շատ ոլորտների, այդ թվում` բարձրագույն ուսումնական հաստատություններում ուսանողների դերի և նշանակության լուրջ փոփոխություններ: Ըստ էության սովետական հասարակարգից ժառանգած ուսանողական կոմսոմոլներն իրենց արդեն իսկ սպառել էին. համակարգը պետք է կարողանար արագ ադապտացվել նոր հասարակարգի պահանջներին: Պատմականորեն ընդունված է ասել, որ ուսանողական շարժումները ՀՀ-ում սկիզբ առան 1992թ.-ից, երբ ձևավորվեց առաջին ուսանողական ինքնակառավարման մարմինը Երևանի Մ.Հերացու անվան պետական բժշկական համալսարանում` բուհական ուսանողական խորհրդարանի կարգավիճակով: Ավելի ուշ՝ 1994թ.-ից սկսած, ուսանողական շարժումները տվեցին իրենց արդյունքները և Երևանի մյուս խոշոր բուհերում ևս ձևավորվեցին ուսանողական ինքնակառավարան մարմիններ՝ ուսանողական խորհուրդների կարգավիճակով:
Սկզբնական շրջանում ուսանողական շարժումները բավական ակտիվ էին Լեռնային Ղարաբաղի Հանրապետության ազատագրման համար մղվող մարտերում ուսանողական ջոկատների կազմման և պատերազմական գործողություններում ակտիվ մասնակցություն ունենալու համար: Այնուհետև երկրի սոցիալ-տնտեսական խորը ճգնաժամը ուսանողնական շարժումների դիտանկյունում դրեց սոցիալական հիմնախնդիրնեը: Զուգահեռաբար ուսանողական ինքնակառավարման մարմիներն առավել շատ սկսեցին զբաղվել ուսանողների ազատ ժամանցի կազմակերպման հարցերով: Ուսանողների ազատ ժամանցի, ուսանողների մշակութային հետաքրքրությունների բավարարումը վառ է արտահայտված մինչև օրս:
Հայաստանի ուսանողական ազգային ասոցիացիայի հիմնադրման հիմքում ընկած էր հայաստանյան ուսանողական դաշտում մինչ այդ` 2000թ.-ի հոկտեմբերին, ձևավորված և գործող մեկ այլ կառույց` Միջբուհական կորդինացիոն խորհուրդը (ՄԿԽ), որը ձևավորել էին 4 բուհերի ուսանողական կառույցներ` (դեռ այն ժամանակ) Երևանի պետական տնտեսագիտական ինստիտուտի Ուսանողական խորհուրդը, Երևանի Մ.Հերացու անվան պետական բժշկական համալսարանի Ուսանողական խորհրդարանը, Հայաստանի ֆրանսիական համալսարանի Ուսանողական խորհորւդը և Հայաստանի պետական ճարտարագիտական համալսարանի Ուսանողական խորհուրդը: ՄԿԽ-ն իր գոյության երկու տարիների ընթացքում կարևոր քայլեր կատարեց միջբուհական դաշտում: Իր գործունեության երեք տարիների ընթացքում կազմակերպվեցին բազում միջոցառումներ, որոնց հիմնական նպատակն էր ուսանողներին համախմբել՝ միասին հանդես գալու մեկ գաղափարի շուրջ: Ահա, ՄԿԽ-ի տրամաբանական հանգուցալուծումն առավել մեծ կառույցի հիմնումն էր, որի ձևավորման հարցում լուրջ քայլեր իրականացվեցին 2003թ.-ին: Եվ այսպես, 2003թ.-ի սեպտեմբերի 8-ին 11 պետական խոշոր բուհերի ուսանողական ինքնակառավարման մարմինների ղեկավարներ ստորագրեցին Հայսատանի Ուսանողական Ազգային Ասոցիացիայի ստեղծման մասին համաձայնագիրը: Հետագայում այլ կազմակերպություններ միացան ՀՈւԱԱ-ին, ընդհանուր առմամբ կազմելով 21 պետական և ոչ պետական բուհերի ուսանողական կազմակերպություների (ընդգրկելով ՀՀ ողջ տարածքը) և 12 տարբեր ուսանողական-երիտասարդական հասարակական կազմակերպությունների համահավաք կազմակերպություն: Սա բավական լուրջ քայլ էր ուսանողական դաշտի կոնսոլիդացման համար: Ասոցիացիան ՄԿԽ-ի իրավահաջորդն է և տարբերվում է նրանից հստակ ընդգծված կառուցվածքի առկայությամբ:
2003թ.-ին ՀՈւԱԱ-ն արդեն միավորում էր 33 ուսանողական երիտասարդական կազմակերպություններ, որոնցից 13-ը պետական բուհերի ուսանողական ինքնակառավարման մարմիններ էին, ևս 5-ը պետական բուհերի մարզային մասնաճյուղերի ուսանողական խորհուրդներ էին, 2-ը ոչ պետական բուհերի ուսանողական խորհուրդներ, իսկ մնացած 12-ը ՀՀ-ում ուսանողական-երիտասարդական դաշտում գործող հասարակական կազմակերպություններ: Ավելի ուշ ՀՈւԱԱ-ում իրականացվեցին կառավարման բարեփոխումներ և այս ցանկը որոշ ձևափոխումների ենթարկվեց, մասնավորապես պեական բուհերի մասաճյուղերի ուսանողական խորհուրդների հաշվառումը սկսվեց իրականացվել իրենց մայր (գլխավոր) բուհի ուսանողական խորհրդի կազմով, ուսանողական երիտասարդական հասարակական կազմակերպությունների համար կարգավիճակի փոփոխություն իրականացվեց` երմուծելով ասոցացված անդամության հնարավորությունը: Մասնավոր բուհերի ուսանողական խորհուրդների համատեքստում 2008թ.-ին հիմնադրվեց Ոչ պետական բուհերի Ուսանողական Կենտրոն ՀԿ-ն, որը 2009-ին համալրեց ՀՈւԱԱ շարքերը:
2012թ.-ից ՀՈւԱԱ լիիրավ անդամ են նաև մարզային անկախ բուհերի ուսանողական ինքնակառավրման մարմինները` Գորիսի պետական համալսարանի Ուսանողական խորհուրդը և Գավառի պետական համալսարանի Ուսանողական խորհուրդը:
2013թ.-ից ՀՈւԱԱ լիիրավ անդամ դարձավ Հայաստանում ֆրանսիական համալսարան հիմնադրամի Ուսանողական խորհուրդը:
ՀՈւԱԱ առաջին նախագահ ընտրվեց Աբրամ Բախչագուլյանը (ՀՊՏՀ): Փոխնախագահ ընտրվեց Ա.Սողոմոնյանը (ՀՊՃՀ) և Գ.Սարգսյանը (ՖԿՀՊԻ), գլխավոր քարտուղար ընտրվեց` Կ.Ավագյանը (ԵՊԲՀ):
Անցնող տարիների ընթացքում ՀՈւԱԱ-ն հիմնականում ուշադրություն է դարձրել ուսանողների շահերի պաշտպանությանը, վերջիններիս ազատ ժամանցի, հանգստի, ինչպես նաև սոցիալական հիմնախնդիրների լուծմանը: Հետզհետե ընդլայնելով իր շահառուների շրջանակը` ՀՈւԱԱ-ն սկսեց զբաղվել կրթության որակի բարելավման հարցերով` մասնավորապես Բոլոնյան գործընթացի հետ կապված ուսանողների ներգրավվածության ապահովման հարցերով: Այսօր ՀՈւԱԱ-ն յուրատեսակ միջնորդ կառույց է ուսանողության և բարձրագույն կրթության մյուս շահառուների միջև:
